Q. 거주주택 비과세에 대해 문의드립니다. 

거주주택(조정대상지역, 5년 보유, 5년거주)과 장기임대주택(임대요건 충족, 자진말소, 자동말소 포함)의 양도순서가
거주주택을 먼저 양도하고 추후에 장기임대주택이 세법상 임대주택의 요건을 갖춘한 경우
먼저 양도한 거주주택은 비과세 해당되는 것으로 알고 있는데

임대주택요건을 갖춘 장기임대주택(자진말소, 자동말소 포함)을 2021년 3월에 먼저 양도하고,
그 후 2021년 10월에 거주주택을 양도하는 경우 거주주택 비과세를 받을 수 있는지요?

1안 : 거주주택은 과세된다. 
장기임대주택을 양도할 때 양도소득세가 과세가 되었으므로 장기임대주택을 양도한 후 최종 1주택이 된 날로부터 2년이 경과하지 않았으므로 거주주택의 양도는 과세된다.
 
2안 :  거주주택은 비과세된다.
아래의 질의해석자료가 장기임대주택 중 일부를 2020년에 양도한 후거주주택과 장기임대주택이 남은 상태에서 2021년에 거주주택을 양도하는 경우 양도소득세가 거주주택을 특례가 적용된다고 하였으므로
아래의 질의해석이 2021년에 양도하는 거주주택에도 유효하다.

A. 소득세법 시행령 제155조 제20항의 거주주택 특례규정은 장기임대주택과 거주주택을 소유하고 있는 상태에서 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유한 것으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항을 적용한다고 규정하고 있습니다. 

따라서 장기임대주택을 모두 양도하여 거주주택만 남은 상태라면 거주주택 특례규정(소령 155조 20항) 대신 본래의 1세대 1주택 규정(소령 154조)을 적용해야 할 것으로 보입니다. 그 규정을 적용하면 보유기간은 소득세법 시행령 제154조 제5항에 따라 최종 1주택을 보유하게 된 날부터 계산해야 할 것으로 보입니다.

따라서 갑설이 타당한 것으로 보입니다.