Q. 1995년에 용인시 수지구 소재 A아파트를 취득하여 12년간 거주하다가 타지역으로 이사했습니다. 이후 2018년 8월 다른 B아파트를 취득했다가 2022년 1월에 매도했습니다. 현재는 A아파트 1채를 소유 중이며 거주는 하지 않고 있습니다.

이 경우 세입자 만기인 올해 8월경에 A아파트를 매도 예정인데, 양도세 비과세가 가능한지 궁금합니다. 과세에 해당된다면 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는지와 거주기간 12년은 인정되는지도 궁금합니다.

A. 귀 상담의 경우, 2021. 1. 1. 이후 다주택 소유자의 1세대 1주택 비과세 판정시 보유기간은 원칙적으로 다주택(2주택 이상)을 보유한 기간은 제외하는 규정(소득세법 시행령 154조 ⑤항)에 따라, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도(과세), 증여 및 용도변경]한 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것입니다.

따라서, 주택 양도 과세 후 비과세 대상 1주택의 보유기간은 1주택이 된 날부터 기산하여 2년 이상 추가 보유해야 비과세 가능합니다. 거주요건이 필요한 조정대상지역 내의 주택을 취득한 경우에는 추가로 2년 거주요건도 충족해야 합니다. (단, 비조정대상지역의 주택을 취득한 경우에는 당초 취득일 현재 거주요건 해당없는 주택이므로 거주요건은 추가 되지 않는 것으로 판단됩니다.)

한편, 2주택을 보유한 1세대가 2021. 1. 1. 이후 1주택 외의 주택(B주택)을 양도 후 최종 1주택(A주택)을 양도하는 경우, 장기보유특별공제 적용 시 보유기간 및 거주기간은 해당주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 거주기간 또한, 해당주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것입니다. 따라서, 양도일 현재 해당 주택에 거주 여부와 관계없이 실제로 12년을 거주한 경우 12년 전체 기간을 인정하는 것입니다.

관련규정 : 소득세법 제89조[비과세 양도소득] 및 제95조[양도소득금액], 동법 시행령 제154조[1세대 1주택의 범위] 제1항 및 제5항, 서면-2021-법령해석재산-0900, 2021.04.01